Prírodovedné múzeum sa zameriava na výskum, dokumentáciu a prezentáciu rozmanitosti a vývoja živej a neživej prírody na území Slovenska. Svojimi zbierkami (cca 2,5 milióna zbierkových predmetov) sa zaraďuje medzi významné prírodovedné európske múzeá. Konajú sa tu i krátkodobé výstavy so spoločenskovednou tematikou.