Múzeum predstavuje históriu vinohradníctva a výroby vína na území mesta od staroveku po 20. storočie, vrátane najvýznamnejších bratislavských vinárskych firiem J. E. Hubert a F. Palugyay. V priestoroch múzea sídli Národný salón vín, ktorý prezentuje a ponúka možnosť degustovať 100 najlepších slovenských vín.